Исчезновение Харухи Судзумии

Кёну приходит в себя в пустом школьном классе. Вокруг ни души, хотя только что звенел звонок с урока. Он выходит в коридор и видит, что школа полностью заброшена. Стены облупились, парты покрыты пылью, а за окнами стоит неестественная тишина. Парень спускается на улицу и обнаруживает, что весь город превратился в безлюдную пустошь. Машины ржавеют на дорогах, витрины магазинов разбиты, а по асфальту гуляет сухая листва. Кён пытается найти хоть кого-то, но вокруг только пустые дома и тишина. Он замечает, что его часы остановились, а небо затянуто серой пеленой. Внезапно он натыкается на Юки Нагато, которая стоит посреди пустой улицы с книгой в руках. Девушка ведёт себя странно даже для неё. Она говорит механическим голосом, не узнаёт Кёна и утверждает, что он ошибся дверью. В её взгляде нет ни капли узнавания, только холодное равнодушие. Кён понимает, что это не просто сон или галлюцинация. Мир вокруг него изменился, и он остался в нём один.

Кён пытается разобраться в происходящем. Он возвращается в школу и находит там Микуру Асахину, которая тоже ничего не помнит. Девушка испугана и растеряна, она не понимает, как оказалась в этом пустом здании. Кён объясняет ей ситуацию, но Микура не может вспомнить ни Харухи, ни их общего прошлого. Они бродят по пустым коридорам, заглядывают в кабинеты и натыкаются на странные аномалии. В библиотеке книги разложены в виде геометрических фигур, а в спортзале мячи стоят ровными рядами. Кён замечает, что время здесь течёт иначе. Солнце не движется по небу, а просто висит на одном месте. Он вспоминает, что Харухи когда-то говорила о своём желании изменить мир. Теперь это желание, кажется, сбылось. Кён понимает, что Харухи исчезла, а вместе с ней исчезла и вся реальность, которую она создавала. Он должен найти её, но не знает, где искать. Единственная зацепка — это странное поведение Юки, которая явно знает больше, чем говорит. Кён решает действовать, пока пустота не поглотила его окончательно.